在正式出現(xiàn)制藥工程專業(yè)這個名稱以前，國內(nèi)的高校依據(jù)自身的條件已經(jīng)設(shè)置了與此相關(guān)的專業(yè)，譬如化學(xué)制藥專業(yè)、中藥學(xué)專業(yè)、抗菌素專業(yè)、精細化工專業(yè)、微生物制藥專業(yè)等。這些專業(yè)有的是設(shè)置在醫(yī)藥科大學(xué)，有些設(shè)置在綜合性大學(xué)，更多的是設(shè)置在理工科大學(xué)內(nèi)。當然，由于主管院校性質(zhì)的不同，這些專業(yè)的側(cè)重點也是不同的。從專業(yè)面講，新設(shè)的制藥工程專業(yè)是一個寬口徑的專業(yè)，它涉及化學(xué)制藥、生物制藥、中藥制藥等領(lǐng)域。

在1998年以前，國內(nèi)曾經(jīng)出現(xiàn)過與制藥工程專業(yè)類似的專業(yè)，譬如抗菌素專業(yè)、微生物制藥專業(yè)等，這些應(yīng)該都與制藥工程專業(yè)的產(chǎn)生有很大的淵源，原本已有的化學(xué)制藥專業(yè)當然毫無例外地轉(zhuǎn)為制藥工程專業(yè)。一些醫(yī)藥類院校設(shè)置有微生物制藥專業(yè)，從教育部的歸類來看，該專業(yè)應(yīng)該并入生物工程專業(yè)，事實上，一些院校還是選擇了與此更相近的制藥工程專業(yè)。1997年，合肥工業(yè)大學(xué)與安徽中醫(yī)學(xué)院聯(lián)合創(chuàng)辦了五年制制藥工程專業(yè)，實行在兩個學(xué)校分別學(xué)習(xí)的制度。這是我國第一個制藥工程專業(yè)。合肥工業(yè)大學(xué)作為制藥工程專業(yè)的先驅(qū)者，為本專業(yè)的發(fā)展奠定了基礎(chǔ)。在1998年頒布本科新專業(yè)目錄的時候，也就是在制藥工程專業(yè)出現(xiàn)于本科專業(yè)目錄的同時，在化工類專業(yè)中的一個非常熱門的專業(yè)--精細化工專業(yè)卻從該目錄中消失了。據(jù)統(tǒng)計，那時全國至少有174所高校設(shè)有精細化工專業(yè)，其中有不少精細化工專業(yè)都把化學(xué)藥物的合成制備作為一個重要的內(nèi)容。因此，盡管按照新的專業(yè)目錄，精細化工專業(yè)應(yīng)以化學(xué)工程與工藝專業(yè)的名義招生，但事實上還是有相當數(shù)量的精細化工專業(yè)看準了制藥工程方向，改建成制藥工程專業(yè)。

在設(shè)置制藥工程專業(yè)的初期，能趕上這個節(jié)拍的高等院校并不多，主要是一些原來設(shè)有化學(xué)制藥的工科類大學(xué)和原來設(shè)有藥學(xué)類專業(yè)的理科類大學(xué)。隨著人們對"藥"這個特殊產(chǎn)品越來越重視，不少高校非?？春眠@個專業(yè)，通過轉(zhuǎn)型或新建形成了制藥工程專業(yè)。

截止到2015年，我國開設(shè)制藥工程本科專業(yè)的學(xué)校從當初的1997年合肥工業(yè)大學(xué)與安徽中醫(yī)學(xué)院合辦的第一家，發(fā)展至今已有近280家，其中屬國家級特色專業(yè)的有15家，國家級卓越工程師計劃的有15家，通過國際等效工程教育認證的有5家。截至2015年6月，集三者于一身的只有華東理工大學(xué)和合肥工業(yè)大學(xué)制藥工程專業(yè)。